1958年3月5日，广西壮族自治区成立，南宁市成为自治区首府。

1958年7月，南宁市设立江宁、兴宁、永宁3个市辖区，撤消大部分街道办事处，保留少数边远街道办事处作为其所在区的派出机构。

1958年9月，南宁市划归邕宁专署统一领导；11月14日，邕宁专区更名为南宁专区。1959年1月，邕宁县西部的心圩、那洪等20个乡划入南宁市郊区。

1960年7月，那龙、坛洛、吴圩、苏圩4个大公社和老口公社（后更名江西公社）的大部分地区划回邕宁县。1961年5月，南宁市与南宁专署分开，直属于广西壮族自治区。

1962年1月撤消城区建制，在市人民委员会设立街道工作委员会。1968年4月13日，成立南宁市革命委员会，取代中共南宁市委和南宁市人民委员会。

1971年，南宁专区改称南宁地区。1978年，南宁地区革命委员会改称南宁地区行政公署。1979年3月南宁市设立新城、永新、江南、朝阳、衡阳5个市辖区。1980年4月朝阳区改称兴宁区，衡阳区改称城北区。

6月28日南宁市七届人大决定撤消南宁市革命委员会，恢复南宁市人民政府。1982年8月2日，国务院批准将南宁地区邕宁县的那龙、江西、坛洛三个公社（即现在的那龙、双定、坛洛、金陵、富庶、江西6个乡镇）划归南宁市管辖。

1983年10月8日，国务院批准将南宁地区邕宁、武鸣二县划归南宁市管辖。1984年1月移交，南宁市人民政府4月正式接管。

1984年8月，市郊区建制恢复；12月，郊区人民政府成立。1992年6月15日，国务院决定南宁市为对外开放城市。

2001年11月15日，国务院批准撤销南宁市郊区。2002年12月23日，国务院批准撤销南宁地区，将原南宁地区的横县、宾阳、上林、马山、隆安5县划归南宁市管辖。2003年6月27日南宁市人民政府正式接管。

2004年9月15日，国务院批准调整南宁市市辖区行政区划，撤销城北区，永新区、邕宁县，设立西乡塘区、良庆区、邕宁区，将新城区更名为青秀区。

2015年3月3日，民政部官网发布消息提到，同意撤销武鸣县，设立南宁市武鸣区。

至此，南宁市共管辖兴宁、青秀、江南、西乡塘、良庆、邕宁、武鸣7城区和隆安、马山、上林、宾阳、横县5个县。